与另外几家具有典型特征的鉴定流派的鉴定方式相比，启功以文史文献考据为主要特色的鉴定方式独树一帜。启功书画鉴定方法的特点有以下几点：

第一，对“似是而非”的望气方法的批判最自觉，最强调书画鉴定中的“证据说”。在古代的书画鉴定理论中叙述的鉴定书画的方法，一般都以“望气”或一般的以经验式笔墨分析的方法，凭经验下结论，当代大多数鉴定家仍沿用这种传统的方法。“望气”的鉴定方法，虽然涉及的是所谓的书画本身，但感觉的成分还是占主导地位，笔墨风格的对比相对抽象，各人有各人的感觉和理解，变化指数很大，除非是对书画有很深的造诣，饱览历代书画名迹，对历代书画作品进行过深刻对比和理解的一流画家鉴定家才能做到准确把握，否则，感觉的不确定因素将是笔墨风格鉴定法的最大困扰：它无法被证明。因此启功认为在书画鉴定中最不可靠的就是“似是而非”的望气，鉴定应讲求证据，以文史文献中确切的事实、信息为依据进行推理验证，因为文史文献是有记载、有确切根据的，它的信息比较固定，因此也最可靠。当然，文史文献考证鉴定方法需要大量文史知识的积累，证据越丰富，结论更有说服力，有历史和文献为证，推理的过程也表现出逻辑力量的强大，具有相当的可靠性、可知性和科学性。

第二，文史文献实证的鉴定方法与通过科技鉴定书画属同一逻辑要求，两种方法在逻辑上最为相通，因此，启功对高科技鉴定书画的观念接受能力最强。除了文史考证的鉴定方法以外，启功非常认同现代科技方法对书画鉴定带来的影响和作用。他在《书画鉴定三议》一文中提到：“鉴定怎样才更科学？我个人觉得首先是辩证法的深入掌握。其次是电脑的发展，必然可以用到书画鉴定方法的研究上。例如用笔的压力，行笔习惯的侧重方向，字的行距，画的构图以及印章的校对等等，如果通过电脑来比较，自比肉眼和人脑要准确得多。已知的还有用电脑测试种种图像的技术……人的经验又可与科学工具相辅相成。不妨说，人的经验是软件，或说软件是据人的经验制定的，而工具是硬件，若干不同的软件方案所得的结论，再经比较，那结论一定会更科学。从这个角度说，‘肉眼一观’、‘人脑一想’，是否‘万无一失’，自是不言可喻的！” （启功著《启功丛稿·题跋卷》，中华书局，1999年7月，第94页同上）对科学鉴定方法的认同，也从另一个侧面体现了他一贯认为的鉴定并不能仅仅凭经验，更不可凭空臆测，而必须讲求实证的科学的鉴定观念。从今后书画鉴定会逐渐更多地依靠科技手段的发展趋势看，启功对高科技鉴定书画的预测和认同，也充分显示了文史文献考证的方法在逻辑上最易转向高科技书画鉴定法的可能性，和他作为大师级人物对所从事的事业的高瞻远瞩。

第三，启功鉴定书画是学问与书画鉴定相结合的典型。启功鉴定书画是在深厚的传统文化基础上进行的，这是一般的鉴定家很难企及的。文物鉴定最终解决的虽然是真伪对错的科学问题，但它的过程却是和文化、历史、艺术、审美等紧紧联系。启功首先是一位学问家，他对考古发掘资料、文学、艺术史料的研究和学术观点，充分体现在他的书画鉴定上，表达在他的许多题跋和题书画诗上，并判断哪些是可信的，哪些是不可信的，启功又是一位教育家、书画家，以他多年的书画创作实践和教学积累为基础，以深厚的文化素养和历史知识作为书画鉴定的支撑，因为这许多综合条件，他才能成为独具慧眼的书画文物鉴定家，成为当代书画鉴定界中文史考证鉴定学派的代表。

启功自谦地认为书画鉴定于他来说只是文人的“余事”，在书画鉴定家的行列里只能算一名“小卒”。在启功所驰骋的各个学术领域里，书画鉴定也许真是如他所说的“余事”，但他所谓的“余事”在书画鉴定领域里，却是一块金字招牌，他并非书画鉴定家行列里的“小卒”，而是不折不扣的大师。原故宫博物院副院长杨新先生这样评价启功：“启功先生是传统文化一个时代的总结，标志着一个时代的高峰，他的去世代表着一个时代的结束……”